Alur cerita Bola Naga GT mengikuti kisah Son Goku setelah menyelamatkan bumi dari serangan Buu pada serial Bola Naga Z. Di awal cerita, dikisahkan Sun Goku yang oleh musuhnya dikembalikan ke tubuh anak-anak dengan bantuan Dewa Naga. Son Goku, yang tidak dapat menjadi dewasa kembali tanpa bantuan Bola Naga, harus kembali berpetualang mengumpulkan ketujuh bola naga yang kali ini tidak tersebar di dunia saja, namun terpencar ke jagat raya. Sun Goku pun harus mengarungi ruang angkasa bersama Trunks yang sudah beranjak dewasa danPan, anak perempuan Son Gohan, yang berarti cucu Sun Goku.
Setelah petualangan di berbagai planet di luar angkasa selesai, Goku dan kawan-kawan pun kembali ke bumi dan harus berhadapan dengan musuh yang lebih kuat lagi, kali ini berupa musuh lama dari serial Bola Naga Z, yaitu Android 17 yang kekuatannya telah meningkat.
Setelah mengalahkan musuh barunya, Sun Goku kembali menemui musuh yang sekali lagi lebih tangguh dari musuh sebelumnya, yaitu ketujuh bola naga yang karena terlalu banyak digunakan dan menyerap hawa negatif akhirnya retak dan mengeluarkan tujuh Naga Hitam yang jahat dan berniat untuk menghancurkan bumi dan segala isinya.
Serial ini akhirnya ditutup dengan sekali lagi menampilkan Kejuaraan Bela Diri Sejagat yang dihadiri oleh Panyang sudah 100 tahun lebih tua. Kali ini, cucu Pan, Goku Jr., bertanding melawan keturunan Vegeta, Vegeta Jr.. Tiba-tiba, Pan pun melihat bayangan kakeknya, Sun Goku, dan ketika ia berusaha mengejarnya, bayangan Goku pun lenyap. Episode terakhir ditutup dengan rentetan cuplikan mulai dari Bola Naga, Bola Naga Z, dan Bola Naga GT, suatu perpisahan yang pantas untuk serial ini.
Detil Teknis 
Edit
Pencipta: Akira Toriyama (hanya berperan kecil dalam proses animasinya)
Rilis manga perdana: - (hanya dibuat versi anime)
Episode anime terakhir: 19 November 1997
Jumlah episode: 64
Dalam bagian ketiga serial Bola Naga ini, sang pencipta, Akira Torayama, tidak berperan besar secara keseluruhan. Partisipasi Akira hanyalah sebatas tahap-tahap awal dan penciptaan desain baru karakter-karakter utama. Karena peranannya yang kecil, beberapa bagian dari kisah Bola Naga GT bertentangan dengan sekuel-sekuel sebelumnya. Serial ketiga Bola Naga ini berakhir hanya setelah 2 tahun ditayangkan, jauh lebih cepat dari Bola Naga Z yang menghabiskan waktu 7 tahun berturut-turut. Salah satu penyebabnya adalah turunnya minat pemirsa yang beralih ke anime-anime yang lebih baru.
Pada bulan Mei 1997 diterbitkan sebuah buku Bola Naga GT yang memuat informasi serial tersebut, gambar-gambar ilustrasi, informasi dibelakang layar, dan beberapa informasi tambahan lainnya. Selain itu pada bulan Desember 1997 majalah Shueisha's Jump terbitan Jepang juga memuat kisah tambahan Bola Naga GT.
